“跨行业整合”缺失是制约国内医疗旅游发展的一个重要障碍。医疗旅游跨医疗服务和旅游两个行业，医疗机构只懂医疗服务，对于如何办理出入境手续、签证等则一头雾水，旅游行业由于不懂医疗，对于只能收取往返机票费、住宿费的客源兴趣不大。

另外，医疗旅游由于涉及卫生、药监、旅游、工商等多个部门，存在着条块分割严重、管理模糊等问题，制约着其进一步发展。

医疗旅游的综合性和专业性很强，要实现医疗旅游业的健康发展，必须建立健全行业管理体制，实现相关资源的有效整合。